蒙古历史学系成立于2011年9月内蒙古大学历史系毕业去向，是内蒙古大学为加强蒙古史学科建设和发展内蒙古大学历史系毕业去向，培养蒙古历史、民族旅游专业高层次人才以及国家、自治区历史、文化、旅游各类社会急需人才而新设立内蒙古大学历史系毕业去向的相对独立的办学单位内蒙古大学历史系毕业去向，学生党团工作归蒙古学学院管理。

蒙古历史学系依托自治区重点学科和国家“211工 程”重点建设学科——蒙古史学科建立，其前身系在国内外学界久负盛名的蒙古与北方民族史研究机构——蒙古史研究所和内蒙古近现代史研究所。新建立的蒙古历史学系实行系所合一办学体制，现有蒙古史研究所、内蒙古近现代史研究所、蒙授历史专业、蒙授旅游管理专业和蒙古史档案文献中心等科研教学机构，共有教师23名。其中教授5名，副教授8名，讲师10名，博士22名，是一支以中青年为主，具有高学历、高素质、富于创新精神的科研、教学团队。

早在1957年内蒙古大学成立时，校长乌兰夫就把蒙古史研究作为全校社会科学研究的重点。1958年，在历史系建立蒙古史教研室，从事蒙古史的教学与研究。1962年，蒙古史教研室更名为蒙古史研究室，1972年成为学校直属的第一个处级科研机构。1982年蒙古史研究室更名为蒙古史研究所，同时由该所析出直属学校的系处级科研单位——内蒙古近代史研究所。1978蒙古史学科开始内蒙古大学历史系毕业去向了硕士研究生教育，1981年能成为自治区首批硕士学位授权点。1990年，成为自治区首批博士学位授权点并开始培养博士学位研究生。1986年，蒙古史学科被列为内蒙古自治区第一批重点学科，1996年又被列为国家“211工程”重点建设学科。2009年，专门史（蒙古史）博士后科研流动站获准成立并有博士后进站。2011年，依托专门史（蒙古史）学科队伍的科研成果和高层次人才培养和水平，内蒙古大学申报并获批中国史一级学科博士学位点，现有中国史各学科方向国内博士研究生24人，硕士研究生68人，外籍研究生13人。

蒙授历史学专业于2010年开始招生，现有本科生16166人。主要培养目标是为蒙古史学科做人才储备，兼顾国家和自治区史以及相关学科、专业各类人才需求。主要课程实行蒙汉双语授课，要求掌握史学基础知识和理论，鼓励蒙古史学科语言的学习以及民族史研究方法与技能的掌握。

蒙授旅游管理专业2006年开始招生，现有本科生156名。 主要培养目标为自治区和国家培养以蒙古历史文化为基础的、蒙汉兼通的各类旅游管理人才。主要课程实行蒙汉双语授课，要求掌握旅游管理学基本理论、基础知识和技能，具备现代旅游从业人员应有的素质和能力，能够从事旅游企事业各部门管理、规划、教学、科研等工作，满足蒙古民族地区旅游行业所需多种语言专门人才 需求。